前言
蓝莓的深蓝色泽源自一类关键分子——花色素糖。这些天然色素不仅是植物界的“调色师”,更因其抗氧化、抗炎等健康功能,成为功能性食品与药物开发的明星分子。然而,决定这些糖苷分子最终结构与功能的,是一类看不见的“糖艺工匠”——糖基转移酶(UGTs)。
浙江大学陈卫教授团队在《Science Advances》上发表的研究,从蓝莓中发现了一种特殊的糖基转移酶UGT75AJ2。该酶天然具备罕见的3′-O与7-O双位点糖基化能力,对合成稀有花色素糖苷及天然蓝色色素极具价值。有趣的是,尽管在系统进化上属于5-O-糖基转移酶簇,实验证实它主要催化3′-OH和7-OH位点。这种功能与分类的“错位”,暗示了其催化逻辑的特殊性。
研究者由此提出一个关键问题:能否解读这种“反常逻辑”,进而实现糖基化的可控设计与编程?然而,这位天然“工匠”存在三大短板:活性极低、糖供体单一(仅识别UDP-Glc)、区域选择性差,使其难以实际应用。这些难题也是整个UGT酶家族面临的共同挑战。传统酶改造方法如同“大海捞针”,效率低下且易陷入局部最优。根本无法满足系统解读并重塑酶功能的高精度要求。
研究团队给出的答案是——FRISM(Focused Rational Iterative Site-specific Mutagenesis)策略。这并非简单的“结构辅助改造”,而是一个将结构预测、能量分析与迭代优化深度融合的可复现工程闭环,旨在系统性地解读并重塑酶的催化逻辑。
研究团队首先通过多重结构建模与分子对接,锁定酶活性口袋附近约70个潜在关键位点。随后,他们对这些位点进行虚拟饱和突变,并通过结合自由能变化(ΔΔG_mut)计算与严格的统计学分析(FDR < 0.05),筛选出那些会“扰动”酶结构的不稳定残基(ΔΔG_mut > 0)。再结合进化保守性分析排除不可变的功能位点,最终精准锚定了34个位于糖供体与受体通道的关键残基,作为核心突变热点。
与传统理性设计追求“增强结合”(ΔΔG_mut < 0)的思路相反,本研究创新性地重点关注那些会“削弱”结合的突变(ΔΔG_mut > 0)。其核心逻辑在于:适度的“受控扰动”可迫使底物在口袋中调整构象,从而更有可能进入一个利于催化的“过渡态”,而非被过于稳定地“锁死”在非生产性结合模式中。这一反直觉策略,为后续实现催化效率的飞跃奠定了理论基础。
第二步:“迭代进化”:四轮优化,活性飙升128倍
在确定了突变靶点后,FRISM的第二步采用分轮、逐步优化的方式。团队将能量热点分为数个功能模块,从单突变开始,逐轮筛选性能提升最显著的组合。在四轮迭代后,他们构建出四突变体 Mut4-1(S367A/V274A/F82V/I132T):转化率由野生型的0.17%提升至22.4%;催化效率(kcat/Km)提高73倍;整体酶活提升达 128倍。
早在2020年,该研究团队关注到这一问题,以甜杏仁(Prunus communis)来源的FAD依赖型PcHNL5出发,解析其与天然底物苯甲醛的复合物晶体结构,对底物隧道中的氨基酸进行理性突变,发现L331A单点突变能拓宽酶的底物通道,使其能够处理体积较大的1,3-二氧六环并苯甲醛(1d)等非天然底物。但突变体PcHNL5_L331A的催化效率仅为 1.8 s⁻¹·mM⁻¹,远低于野生型PcHNL5对苯甲醛的 76 s⁻¹·mM⁻¹。
UGT类酶长期存在一个顽疾:它们几乎只接受UDP-Glc这一种糖供体,应用范围极其受限。研究团队通过对糖供体结合口袋的电荷与氢键网络分析,发现残基 F366 和 S367 在供体识别中起到“闸门”作用。于是,他们设了 S14G/F366H/S367G 三突变体,通过空间重塑让口袋更大、更柔性,同时保持催化位点稳定。改造后的酶成功打破了天然局限,能够同时高效利用 UDP-Glc、UDP-Gal、UDP-Xyl、UDP-GlcNAc 四种糖供体,实现了从单糖型到多糖型的跨越。
不仅如此,团队进一步证明,通过改变I132与S367等位点的空间取向,可以控制糖基在黄酮分子的不同羟基位点进行转移:I132E优先在 3′-O 位点糖基化;S367W选择性 7-O 位点;S367F可实现罕见的 5-O 位点修饰。通过组合优化,他们进一步获得了Y75E/F185Y/I132T 和 L112F/M273E/S367D 两个高性能三突变体,分别实现了对3′-O位点高达99%的选择性(93%转化率)和对7-O位点85%的选择性(80%转化率),将“可控可设计”推向了极致。
本研究构建的FRISM策略,通过精准热点识别和独特的“能量扰动”设计思想,实现了从盲目筛选到理性设计的跨越。
该策略不仅成功将UGT75AJ2的活性提升128倍,更一举突破了糖供体限制和区域选择性控制难题,为糖基转移酶的定向改造提供了标准化解决方案。这项研究为天然产物绿色制造和药物研发提供了强大的工具,也为实现智能化酶设计奠定了坚实基础。
作者:陈勤
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审核丨市场部、研发中
图片丨来源于瀚海新酶、网络(侵删)
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