ApeKI 来源于超嗜热需氧古生菌(Aeropyrum pernix) K1，属于 Type IIP 型限制酶，识别并切割 G/CWGC 序列，形成 3 碱基突出的粘性末端。 ApeKI 是基因组简化测序 （genotyping-by-sequencing，GBS）的首选酶之一，此外，还广泛应用于动植物遗传研究、群体进化分析及功能基因定位等领域。
同裂酶：TseI
注：同裂酶对于不同的甲基化修饰可能具有不同敏感性。
图标注释
最适反应温度为 75℃
对于被 CpG 甲基化的 DNA，剪切可能受阻
不可热失活
3 h 温育未表现星号活性，更长时间酶切可能出现星号活性
产品信息
| 产品名称 | 货号 | 包装规格 |
|---|---|---|
| ApeKI | HSM050971 | 500 U |
产品组分
| 组分 | 规格 |
|---|---|
| ApeKI(10 U/μL) | 50 μL |
| 10× Cut Buffer C | 1 mL |
运输及保存方法
-25~-15℃运输与保存。
建议反应条件
1. 1×Cut Buffer C； 2. 75℃温育； 3. 参照“DNA 酶切流程”配制反应体系。 4. 本品在 37℃进行酶切反应时，有<10%的活性。
失活条件
不可热失活，请使用酚氯仿抽提或柱纯化。
活性定义
1 活性单位(U)是指在 50 μL 反应体系中，75℃ 1 h 内完全酶切 1 μg λDNA 所需的酶量。
质量控制
功能活性检测：75℃下，10 U ApeKI 能够在 15 min 内完全消化 1 μg λDNA。
超长时间温育检测：75℃下，将 10 U ApeKI 与 1 μg λDNA 共同温育 3 h，未检测到其他核酸酶污染或星号活性引起的底物非特异性降解。延时酶切可能出现星号活性。
酶切-连接-再酶切检测：75℃下，使用 10 U ApeKI 消化底物，回收酶切产物。在 22℃下使用适量 T4 DNA 连接酶可以将酶切产物重新连接。将连接产物再次回收后，使用相同的内切酶可以重新切开连接产物。
使用方法
一、DNA 酶切流程
1. 在冰上按如下建议的加样顺序配制反应体系：
| 试剂 | 用量 |
|---|---|
| ddH2O | Up to 50 μL |
| 10× Cut Buffer C | 5 μL |
| 底物 DNAa | 1 μg |
| ApeKI(10 U/μL) | 1 μL |
| Total | 50 μL |
a:DNA 底物中应不含苯酚、氯仿、乙醇、EDTA、洗涤剂或高浓度盐，否则将会影响 ApeKI 酶活性。
2. 轻柔吸打或轻弹管壁以混匀（切勿涡旋）， 然后瞬时离心以收集挂壁液滴；
3. 75℃温育 15 min~3 h； 4. 酚氯仿抽提或柱纯化（可选）。
二、注意事项
1. 反应体系中加入的酶体积不应超过总体积的 10%，避免酶中过多的甘油引起星号活性；
2. 限制性内切酶存储缓冲液中的添加剂（例如甘油、盐）与底物溶液中的污染物（例如盐、EDTA 或乙醇等）相同，反应体积越小，酶切反应抑制效应越强。
不同 DNA 中的酶切位点数量
| DNA | 酶切位点数量 |
|---|---|
| λDNA | 199 |
| ΦX174 | 14 |
| pBR322 | 21 |
| pUC57 | 12 |
| pUC18/19 | 12 |
| SV40 | 22 |
| M13mp18/19 | 10 |
| Adeno2 | 179 |
甲基化修饰影响
| Dam | Dcm | CpG | EcoKI | EcoBI |
|---|---|---|---|---|
| 无影响 | 无影响 | 剪切受阻 | 无影响 | 无影响 |
在不同反应缓冲液中的活性
| CutFlex Buffer | Thermo Scientific FastDigest Buffer | NEB rCutSmart™ Buffer | Takara QuickCut™ Buffer |
|---|---|---|---|
| 12.5% | 50% | 12.5% | 25% |
注：活性数据来自瀚海限制酶标准反应体系下的检测。
